রুট করার সময় যদি কোন সমস্যা না হয় তবে পরবর্তীতে সিকিউরিটি রিস্ক ছাড়া আর কোন অসুবিধা হয়না বললেই চলে তবে নিজের ভুলের যন্য হতে পারে যেমন সিস্টেম ফোল্ডার থেকে ড্রাইভার এপস ডিলিট করলে ঐ এপসের হার্ডওয়ার কাজ করেনা। না জেনে ক্ষতিকর এপসকে রুট পার্মিশন দিলে তা ফোনের বিভিন্ন ফাইল ডিলিট করে দিতে পারে। অসাবধানতার কারনে অনাকাঙখিত টাচ পড়ে সিস্টেম ফোল্ডারের ফাইল ডিলিট হতে পারে ফলে ফোন অনিয়ন্ত্রিত অথবা নষ্ট হয়ে যেতে পারে। তবে এক কথায় নিজের ভুল ও সিকিউরিটি রিস্ক ছাড়া, ফোন চালাতে কোন অসুবিধা হয়না, আনরুটের মতই একই থাকে।
রুট করার কিছু অসুবিধাও আছে :- ওয়ারেন্টি হারা :- ডিভাইস রুট করার মাধ্যমে আপনার ওয়ারেন্টি বাতিল হয়ে যাবে। তাই রুট করার আগে সাবধান। অবশ্য অনেক সেট আবার আনরুট করা যায়। আর সেট আনরুট করা হলে তা সার্ভিস সেন্টারে থাকা টেকনিশিয়ানরা অনেক সময়ই ধরতে পারেন না যে সেটটি রুট করা হয়েছিল। ফোন ব্রিক :- ব্রিক অর্থ ইট। আর ফোন ব্রিক মানে আপনার ডিভাইসকে ইটে রূপান্তরিত করা। অর্থাৎ, এর কাজ করার ক্ষমতা হারানো। এর পরবর্তী বিভিন্ন কাজের সময় একটু এদিক-সেদিক হলেই ফোনে স্থায়ী বা অস্থায়ী সমস্যা হতে পারে। আপনার ফোনের প্রস্তুতকারক কোম্পানি ফোনটি আনরুট অবস্থায় দেন যেন এর ক্ষতি না হয়। রুট করার মাধ্যমে আপনি সেই নিশ্চয়তা ভেঙ্গে ফেলছেন।