ধর্ম নিরপেক্ষতার সাথে সরাসরি ধর্মের কোন সম্পর্ক নেই। এটা নির্ভর করে সুশিক্ষা, রুচিবোধ, নৈতিকতা আর উদারতার উপর। ধর্মনিরপেক্ষতা হচ্ছে আপনি আপনার ধর্ম পালন করবেন কিন্তু অন্য ধর্মের প্রতি সহানুভুতিশীল হবেন, তাদের সন্মান করবেন, যোগ্যতা অনুযায়ী সকল ধর্মের মানুষদের মূল্যায়ন করবেন আর কোন কাজে ধর্মকে ব্যাবহার করে পক্ষপাতমুলক আচরন করবেন না। আর এসবগুলোই ইসলাম দ্বারা স্বীকৃত চর্চা কিন্তু সংকীর্ন মানসিকতা আর কূশিক্ষার কারনে আমরা অনেকেই এগুলো মানি না।
পবিত্র কুরআনে আল্লাহ ্ তা’লা বলেছেন, কুলিল হাক্কু মির রাব্বিকুম ফামান শা’ ফালইউমিন ওয়ামান শা’ ফাল ইয়াক্ফুর, অর্থাৎ ‘তুমি বল, তোমার প্রতিপালক-প্রভুর পক্ষ থেকে পূর্ণ সত্য সমাগত, অতএব যার ইচ্ছা সে ঈমান আনুক আর যার ইচ্ছা সে অস্বীকার করুক’ (সূরা কাহাফ্ : ২৯ আয়াত)। সূর্যোদয় সত্ত্বেও কেউ যদি সূর্যের অস্তিত্বকে অস্বীকার করে তাকে বোকা বলা যেতে পারে কিন্তু তার বিরুদ্ধে আইনগত ব্যবস্থা নেয়ার কিছুই নেই। ঠিক তেমনি কে আল্লাহকে মানলো বা মানলো না, কে ধর্ম করলো বা করলো না এটা নিয়ে এ জগতে বিচার বসানোর কোন শিক্ষা ইসলাম ধর্মে নেই। আল্লাহ বলেন উপযুক্ত ব্যক্তির হাতে ক্ষমতা প্রদান কর, আবার বলেছেন ন্যায়বিচার করতে।কিন্তু এক এক ধর্মের বিচার ভিন্ন থাকায়,ন্যায়বিচার করতে ধর্ম নিরপেক্ষ হতে হয়। ইসলাম এ এই নিয়ে বাধ্যবোধকতা কম হলেও পরকালে আল্লাহ কি করবেন, তা শুধু তিনিই জানেন।