খারেজী সম্প্রদায়ের হাতে খলিফা হযরত আলী (রাঃ) এর শাহাদাতবরণ খোলাফায়ে রাশেদীনের পতন ডেকে আনে। ৬৬১ খ্রিস্টাব্দের ২৪ জানুয়ারি তিনি গুপ্তঘাতক আবদুর রহমান ইবনে মুলজামের বিষাক্ত ছুরিঘাতে আহত হন এবং ২৭ জানুয়ারি শাহাদতাবরণ করেন। হযরত মুয়াবিয়া (রাঃ) কৌশলে খলিফা আলী (রাঃ) কে খেলাফত থেকে অপসারণ করেন এবং আরব রাষ্ট্রে বংশানুক্রমিক রাজতন্ত্র প্রতিষ্ঠা করেন। এ প্রসঙ্গে ভনক্রেমার বলেন, "হযরত আলী (রাঃ) ও মুয়াবিয়ার মধ্যে বিরোধ না ঘটলেও এবং পরবর্তী ইসলামের রাষ্ট্রীয় জীবনে কোন অশুভ উপদ্রেবের সূচনা না হলে ইসলামের ভবিষ্যৎ আরো সুখী ও সমৃদ্ধিশালী হতো।" অতএব, হযরত আলী (রাঃ) মৃত্যুর সঙ্গে কোন যোগসূত্র ছিল না।
ভাই, হযরত আলী (রাঃ) এর খেলাফত এর মুয়াবিয়া সাথে বিরোধ থাকলেও পরে তা মিটে যায়। কিন্তু, ইবনে মুলজিম নামে একজন খারেজী ৬৬১ সালের ২৬ জানুয়ারীতে বর্তমান ইরাকে অবস্থিত কুফার শাহী মসজিদে হত্যা করেন হযরত আলী (রাঃ) কে। ্৪০ হিজরীর ২১ (বা ১৯) রমজান (২৮ জানুয়ারী ৬৬১ খ্রিস্টাব্দ) এ ইবনে মুজলিম বিষাক্ত বিষে মাখা একটি তলোয়ার দিয়ে হযরত আলীর মাথায় আঘাত করেন এবং এই আঘাতের কারণেই ঘটনার দুইদিন পর ৬২ বা ৬৩ বছর বয়সে হযরত আলী শাহাদাত বরণ করেন।