প্রাককেন্দ্রিক কোষ থেকে প্রকৃত কোষকে নিম্নলিখিতভাবে পৃথক করা যায়। ১. প্রাককেন্দ্রিক কোষে নিউক্লিয়ার মেমব্রেন বেষ্টিত সংগঠিত নিউক্লিয়াস থাকে না, কিন্তু প্রকৃত কোষে নিউক্লিয়ার মেমব্রেন বেষ্টিত সংগঠিত নিউক্লিয়াস থাকে। ২. প্রাককেন্দ্রিক কোষে রাইবোজোম ছাড়া কোনো অঙ্গানু থাকে না, কিন্তু প্রকৃত কোষে রাইবোজোমসহ মাইট্রোকন্ড্রিয়া, গলগি বস্তু, এন্তোপ্লাজমিক রেটিকুলাম ইত্যাদি অঙ্গানু থাকে। ৩. প্রাককেন্দ্রিক কোষে রাইবোজোম ৭০ঝ, উঘঅ বৃত্তাকার। কিন্তু প্রকৃত কোষে রাইবোজোম ৭০ঝ এবং ৮০ঝ, উঘঅ সূত্রাকার। ৪. প্রাককেন্দ্রিক কোষে অ্যামাইটোসিস কোষ বিভাজন ঘটে কিন্তু প্রকৃত কোষে মাইটোসিস ও মায়োসিস প্রকৃতির।