শরীরের বিভিন্ন অংশের সুক্ষ রোগ নির্ণয়ের জন্য বর্তমানে এমআরআই একটি নির্ভরযোগ্য ও পছন্দের পদ্ধতিতে পরিণত হয়েছে। মস্তিষ্ক, মেরুদণ্ড, জয়েন্ট (যেমন, হাঁটু, কাঁধ, কব্জি, এবং গোড়ালি), পেট, স্তন, রক্তনালী, হার্ট এবং শরীরের অন্যান্য অংশের পরীক্ষার জন্য এমআরআই ব্যবহার করা হয়।
সাধারণভাবে এমআরআই পরীক্ষা দ্বারা নিম্নলিখিত রোগ নির্ণয় করা যায় : ১. মস্তিষ্কের রোগ, যেমন টিউমার, স্ট্রোক এবং অন্যান্য; ২. মেরুদণ্ডের রোগ/আঘাত; ৩. জোড়া রোগ ও ক্রীড়াজনিত আঘাত; ৪. হাড় ও মাংসপেশির সমস্যা; ৫. রক্তনালীর অস্বাভাবিকতা; ৬. মহিলাদের স্তন ও তল পেটের সমস্যা; ৭. প্রস্টেট সমস্যা; ৮. লিভার, পিত্ত নালী ও কিছু আন্ত্রিক রোগ; ৯. নির্দিষ্ট নাক, কান ও গলা (ইএনটি) রোগ, ইত্যাদি।।