মূল্য সংযোজন কর এবং আবগারি শুল্কের মধ্যে মূল পার্থক্য হলঃ মূল্য সংযোজন কর(vat) যেকোনো ব্যবসায়ের মাধ্যমে সৃষ্ট মূল্য সংযোজনের ওপর আরোপ করা হয়ে থাকে। যেমনঃ দেশীয় পণ্য উৎপাদন, বিপণন ও বিক্রয়, বিদেশী পণ্য আমদানী ও রপ্তানী, দেশাভ্যন্তরে সেবা বা পরিষেবার উৎপাদন, বিপণন ও বিক্রয ইত্যাদি সকল ক্ষেতে মূল্য সংযোজন কর আরোপযোগ্য। শুধুমাত্র দেশের অভ্যন্তরে উৎপাদিত পণ্য কারখানা থেকে খালাসের সময় যে শুল্ক আদায় করা হয় তা হল আবগারি শুল্ক।