মোঘল সম্রাটগণ শিয়া বা সুন্নি ছিলেন এ কথা হলফ করে বলা যাবে না। কেননা তাদের অনেকে ইরানী শিয়াদের যোগসাজসে নিজেরাই তাদের মত পন্থা গ্রহণ করেছিলেন এমনকি শিক্ষার ক্ষেত্রে তাদের প্রভাব এতটাই প্রভাব বিস্তার করেছিলো যে যুক্তিদর্শনকেই শিক্ষার ক্ষেত্রে একমাত্র মাপকাঠি মনে করা হত। ইসলামী শিক্ষাকে একেবারেই নগন্য মনে করা হতো। আবার তাদের অনেকে পুরোপুরি ইসলামী আদর্শে উজ্জিবিত ছিলেন।
হুমায়ূন আহমেদের বাদশাহ নামদার গ্রন্থে জানা যায় সম্রাট বাবর এবং সম্রাট হুমায়ূন ছিলেন সুন্নি। তবে সম্রাট আকবরের মাতা শিয়া হওয়ায় তিনি শুরুতে শিয়া ছিলেন। পরবর্তীতে তাঁর শেষ জীবনে তিনি ও তাঁর পুত্র দ্বীন এ ইলাহির অনুসরণ করতেন। এরপরের সম্রাটদের কথা স্পষ্টভাবে কোথাও নেই। তবে ধারণা করা হয় তাঁরা বেশিরভাগ শিয়া এবং কিছু সংখ্যক সুন্নি ছিলেন। আবার ভিন্ন ধর্মের কথাও কোথাও নেই।
সূত্রঃ বাদশাহ নামদার, উইকিপিডিয়া এবং স্কুলের সামাজিব বিজ্ঞান এর ম্যাডাম।