মিশ্র চাষে বেশি অসুবিধা নেই । তবে কিছু কিছু মাছ বা সবজির জন্য অসুবিধা হয়ে থাকে । যেমন: মাগুর মাছের সাথে চিংডি চাষ করা যাবে না ।মাগুর মাছ সব চিংডি খেয়ে ফেলবে । তবে একই খাবারে একসাথে অনেক মাছ চাষে সুবিধা ও লাভজনক ।এসব মাছ চাষ করতে পারেন ।যেমন , রুই ,কাতলা , মৃগেল , গ্রাসকাপ , তেলাপোয়া ইত্যাদি।
