সচিব হলেন মন্ত্রণালয়/বিভাগের প্রশাসনিক প্রধান। তিনি এর প্রশাসন, নিয়ম-শৃঙ্খলা ও ন্যস্ত যাবতীয় কর্মকান্ড পরিচালনা করেন। তিনি তাঁর মন্ত্রণালয়/বিভাগ, সংশ্লিষ্ট অধিদপ্তর ও অধীনস্থ অফিসসমূহের কার্যবিধি যথাযথভাবে অনুসৃত হচ্ছে কিনা তাও সতর্কতার সঙ্গে তদারক করেন। তিনি মন্ত্রণালয়/বিভাগের কার্যকলাপ সম্পর্কে দায়িত্বপ্রাপ্ত মন্ত্রীকে অবহিত রাখেন। সচিব সংশ্লিষ্ট অধিদপ্তর ও অধীনস্থ অফিসমূহসহ মন্ত্রণালয়/বিভাগের মুখ্য হিসাবরক্ষক এবং এগুলির জন্য বরাদ্দকৃত অর্থ যাতে বাজেট ও প্রচলিত হিসাববিধি অনুসারে ব্যয়িত হয় সেটিও নিশ্চিত করেন। প্রয়োজনীয় উপাত্ত, তথ্য ও উদাহরণ সংগ্রহ, পরীক্ষা, বিশেষণ ও সমন্বয়ের দায়িত্বও সচিবের। আর এসবের ভিত্তিতেই মন্ত্রী নীতি বা সিদ্ধান্ত গ্রহণ করে থাকেন। কোনো নীতি গৃহীত হওয়ার পর সেটি সঠিকভাবে কার্যকর হচ্ছে কি না তিনি তা দেখেন এবং নীতিসমূহ বাস্তবায়নকারী সংশ্লিষ্ট বিভাগীয় কর্মকর্তাদের প্রয়োজনীয় নির্দেশ প্রদান করেন। মন্ত্রণালয়/বিভাগকে কয়েকটি কার্যনির্বাহী ইউনিটে বিভক্তকরণ এবং তার অধীনস্থ উইং, শাখা ও সেকশনগুলির মধ্যে বিভাগ/মন্ত্রণালয়ের দায়িত্ব বণ্টনের দায়িত্বও তার উপর ন্যস্ত। অধীনস্থ কর্মকর্তাদের মধ্যে ক্ষমতা অর্পণের ধরন ও মাত্রা সচিবই নির্ধারণ করেন। তিনি অধীনস্থ কর্মকর্তাদের মধ্যে অর্পিত ক্ষমতা বণ্টন এবং মন্ত্রণালয়/বিভাগের কার্যসম্পাদনের ধরন সম্পর্কিত সুস্পষ্ট স্থায়ী নির্দেশও জারি করেন।