আমরা সাধারনত প্রাণি ক্লোনিং বুঝি কিন্তু ব্যাকটেরিয়া ক্লোনিং সেটা নয়। ব্যাকটেরিয়া ক্লোনিং মূলত জিন ক্লোনিং। ব্যাকটেরিয়ামের প্লাজমিডে কোন কাঙখিত ডিএনএ জোড়া দিয়া ব্যকটেরিয়া দেহে স্থাপন করে ব্যাকটেরিয়াকে নিয়ন্ত্রিত মিডিয়াতে কালচার করে সংখ্যা বৃদ্ধি ঘটানো হয়। ব্যাকটেরিয়ার সাথে প্লাজমিড ও তার সাথে কাঙখিত ডিএনএ তথা জিন এভাবে সংখ্যা বৃদ্ধি করাকে জিন ক্লোনিং বা ব্যাকটেরিয়াম ক্লোনিং বলে। প্লাজমিডে ডিএনএ কাটা জোড়া দেওয়ার জন্য রেস্ট্রিকশন ও লাইগেজ এনজাইম ব্যবহার করা হয়।