অটিজম মস্তিষ্কের অস্বাভাবিক বায়োলজি ও কেমিস্ট্রির ফলে সৃষ্ট একটি সমস্যা। এখন পর্যন্ত এই সমস্যার কোনো সরাসরি কারণ খুঁজে পাওয়া যায়নি। সারা পৃথিবীতেই এই সমস্যার কারণ জানার জন্য গবেষণা অব্যাহত রয়েছে। কিছু বিষয়ের সমন্বয়ে অটিজম ঘটে থাকে বলে বিজ্ঞানীরা ধারণা করে থাকেন। এদের মধ্যে সবচেয়ে গুরুত্বপূর্ণ হচ্ছে জেনেটিক ফ্যাক্টর। অনেক সময় দেখা গেছে, অটিজমের ইতিহাস যে পরিবারের আছে সেই পরিবারের আরও অনেকরই কথা বলতে সমস্যা, অন্যান্য জেনেটিক্যাল সমস্যা ইত্যাদি পাওয়া যায়। গর্ভাবস্থায় খাদ্যাভ্যাস, বাচ্চার অন্ত্রের পরিবর্তনগত সমস্যা, মার্কারির (পারদ) বিষক্রিয়া, বাচ্চার ভিটামিন ও খনিজ পদার্থ পরিপাক করতে না পারা, টিকার প্রতিক্রিয়া ইত্যাদিও অটিজমের কারণ।
কিশোরী অবস্থায় মা হলে, স্বামী-স্ত্রীর মধ্যে বয়সের ব্যবধান বেশি হলে কিংবা বেশি বয়সে মা-বাবা হলে সন্তানের অটিজমে আক্রান্ত হওয়ার ঝুঁকি বেড়ে যায়। পাঁচটি দেশে ৫৭ লাখ শিশুর ওপর পরিচালিত বিশাল এক গবেষণা থেকে সম্প্রতি অটিজম স্পেকট্রাম ডিসঅর্ডার (এএসডি) সম্পর্কে এই তথ্য উঠে এসেছে। এক প্রতিবেদনে এ খবর জানিয়েছে আইএএনএস।