ফসলের ফলন বৃদ্ধি এবং মাটির ঊর্বরতা বৃদ্ধি করে অণুজীব সার রাসায়নিক সার অপেক্ষা অধিক পরিবেশবান্ধব ভূমিকা পালন করে। রাসায়নিক উপাদানমুক্ত অণুজীব সারে প্রায় সবটুকু উদ্ভিদ কর্তৃক শোষিত হতে পারে ফলে জমির ফসল উৎপাদনে রাসায়নিক সারের উপর নির্ভরশীলতা কমে। অণুজীব সারে ক্ষতিকর কোনো উপাদান থাকে না এবং উৎপাদিত ফসলেও কোনো ক্ষতিকারক উপাদান থাকে না। মূলত ক্ষতিকর উপাদান না থাকা এবং রাসায়নিক সার কম প্রয়োজন হওয়ায় অণুজীব সার পরিবেশ বান্ধব।