বীজ শোধনের জন্য হাত সহনীয় তাপমাত্রার (৫২-৫৫ ডিগ্রি সে.) গরম পানিতে ১৫ মিনিট বীজ ডুবিয়ে রাখলে জীবাণুমুক্ত হয়। অথবা প্রতি কেজি ধান বীজ ৩০ গ্রাম এগ্রোসান জিএন বা ২০ গ্রাম এগ্রোসান এম ছত্রাকনাশক মিশিয়ে শোধন করা যায়। বীজকে রোগজীবাণু যুক্ত করা ও সুস্থ-সবল চারা উৎপাদনের জন্য বীজ শোধন করা হয়।