৯৯৬ খ্রিস্টাব্দে পিতা আল-আজিজের মৃত্যুর পর মাত্র ১১ বছর বয়সে আল-হাকিম ফাতেমি সিংহাসনে আরোহণ করেন। অতি অল্প বয়স হওয়ায় পিতার সময়কার প্রাদেশিক শাসনকর্তা বারজোয়ান তার প্রতিনিধি হিসেবে শাসন ক্ষমতা পরিচালনা করেন। তবে বারজোয়ান ইবনে আমরকে হত্যা করে ব্যাপক ক্ষমতার অধিকারী হলে খলিফা হাকিম তার ঔদ্ধত্য সহ্য করতে না পেরে গুপ্তখাতকদের সহায়তায় বারজোয়ানকে হত্যা করে খিলাফতের সমস্ত ক্ষমতা নিজ হাতে গ্রহণ করেন।